Les eaux douces superficielles
L'Observatoire a mis en place un réseau de surveillance de la qualité des cours d'eau adapté aux préconisations du SAGE.
Les eaux saumâtres
Le suivi bactériologique des étiers salés est préconisé par le SAGE dans l’action D16 et est réalisé par l’Observatoire de l’eau du bassin de la baie de Bourgneuf. Il permet de suivre la qualité bactériologique des étiers salés qui alimentent les établissements d’expédition conchylicole.
Les eaux de baignade
La baie de Bourgneuf offre une grande diversité de plages depuis les petites criques situées au pied de falaises de Préfailles et Pornic jusqu'aux très grandes plages adossées à des dunes plus ou moins boisées comme à Barbâtre et sur le littoral du pays de Monts.
Les zones de production conchylicole
L'ostréiculture est très développée en baie de Bourgneuf. L'Ifremer assure le suivi des zone de production conchylicole.
Les gisements naturels de coquillages
La pêche à pied est un usage particulièrement développé en baie de Bourgneuf. la fréquentation de la baie varie entre 3 000 et 4 000 pêcheurs lors d'une marée de fort coêfficient en période estivale. Hors saison touristique, elle peut atteindre 2 000 pêcheurs.
Les coquillages implantés dans les étiers
Le suivi bactériologique sur les coquillages implantés permet d’atténuer le phénomène de ponctualité d’une analyse sur l’eau. Les coquillages, placés plusieurs jours dans des poches immergées, sont des très bons indicateurs de la qualité de l’eau puisqu’ils la filtrent et conservent ainsi les microorganismes présents.